《我家大师兄脑子有坑第二季》延续了第一季的搞笑与奇幻风格。东方纤云穿越到修仙世界，成为逍遥门的大师兄，却发现自己并不符合穿越小说男主角的设定。为了活下去，他决定抱紧最符合男主角设定的二师兄印飞星的大腿。然而，印飞星重生归来，心怀仇恨，一脚将东方纤云踹下悬崖，导致他踏上魔修的反派道路。天真单纯的大乘期魔修易相逢、玄铭宗的花花公子东方芜穹以及同为穿越者的天道使者卜算天等角色纷纷登场。在伏魔大会的风云汇聚中，东方纤云与印飞星的关系逐渐复杂化，逍遥门的生活也变得更加鸡飞狗跳。故事在轻松搞笑的同时，也揭示了修仙世界的阴谋与纷争。