在《机动战舰剧场版：暗黑王子》中，公元2201年，地球与木星签署停战条约后，人类迎来短暂和平。然而新型交通系统"葫芦计划"的殖民卫星接连遭遇神秘袭击。联合宇宙军派遣抚子B战舰调查，舰长星野琉璃带队前往终点站"天照"追查真相。随着调查深入，他们发现袭击背后隐藏着名为"暗黑王子"的势力，其真实目的威胁着整个太阳系的和平。当八号殖民地"白雪公主"突遭袭击时，神秘的斗笠僧侣现身追杀研究人员，抚子B船员们被迫卷入一场关乎人类存亡的终极对决。面对强大的敌人和错综复杂的阴谋，星野琉璃与船员们必须揭开"暗黑王子"的真实身份，阻止其毁灭性的计划。