黑暗笼罩着东京湾，巨型生物戴葛洛从深海苏醒，它的每一次呼吸都掀起滔天巨浪。与此同时，神秘的外星怪兽戈利亚斯从天而降，两股毁灭性的力量在城市废墟中对峙。科学家犬塚弘发现，戴葛洛体内竟藏着人类孩童的意识，而军方代表三波伸介却坚持要消灭所有威胁。
当导弹与激光在怪兽之间炸裂时，瞳麗子饰演的母亲在废墟中寻找失踪的儿子，她手中的玩具机器人闪烁着与戴葛洛眼中相同的光芒。小林昭二扮演的老渔民跪在岸边，哼唱着祖辈流传的镇魂歌谣。这场超越物种的战斗背后，是人类与怪兽之间说不清道不明的悲情羁绊。
钢铁丛林在怪兽脚下如同积木般崩塌，但真正崩塌的是人类对未知生物的傲慢认知。当戴葛洛的触须轻轻卷起坠落的校车时，戈利亚斯的光束炮突然调转方向，对准了发射核弹的军事基地...