钢铁都市的霓虹灯下，灭亡迅雷.net的残党正在暗处蠢蠢欲动。飞电智能的新任社长飞电或人突然收到一组加密数据——那是已故战友灭亡迅雷四骑士最后的战斗记录。当他在废弃的卫星泽亚主机前播放这些影像时，屏幕上闪现出令人震惊的画面：迅、灭、亡、雷四位骑士竟同时出现在同一个时空节点。
中川大辅饰演的迅首次袒露内心矛盾，砂川脩弥演绎的灭在数据洪流中寻找着存在的意义。而新加入战局的神秘少女（中山咲月饰）手持破损的绝灭升华器，她的记忆碎片里藏着连接所有谜题的关键。当假面骑士零一的变身密钥发出异常光芒，两个时代的骑士们将在数据与现实的夹缝中展开跨越生死的终极对决。