某日，小新在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，将它带回家并放在了冰箱里。不料，美冴和广志无意中喝下了这瓶液体，第二天竟然变异成了动物。随后，一个名为SKBE的神秘环保组织掳走了小新一家人，而组织首领竟然是双叶里的里长四膳守。原来，四膳守是一位激进的环保主义者，他计划通过一种神秘药物将破坏环境的人类变成动物，而小新捡到的液体正是这种药物的测试版本。四膳守打算将美冴和广志作为实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚的帮助下，小新一行人成功逃脱。他们与春日部防卫队联手，决心揭露并阻止四膳守的阴谋，拯救家人和春日部的居民。