《超次元游戏 海王星 涅普的暑假》讲述了游戏业界中由四位女神统治的四个国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee。为了避免因争夺女神力量之源“Share”而引发的长期战争，四位女神签订了《友好条约》，停止了武力争夺。随着和平的到来，四位女神及其候补生妹妹们开始了新的生活。故事主要围绕Planeptune的女神涅普迪努展开，她与其他女神和妹妹们度过了一个充满欢乐与冒险的暑假。她们一起探索游戏业界的各个角落，解决各种小问题，增进彼此之间的友谊，展现了轻松愉快的日常生活。