《女神异闻录3 剧场版 第三章 秋降》的故事发生在一个神秘的私立月光馆学园。主角结城理因家庭原因转学至此，并入住学生宿舍。某天夜晚，他被名为“阴影”的怪物袭击，体内潜藏的Persona能力因此觉醒。随后，他加入了学校的特别课外活动部，与同伴们一起对抗这些怪物。随着季节进入秋天，战斗逐渐白热化，阴影的威胁也越来越大。特别课外活动部的成员们不仅要面对外部的敌人，还要处理各自内心的情感与矛盾。与此同时，他们发现阴影的背后隐藏着更大的阴谋，而这一切似乎与学校的秘密紧密相关。在秋日的氛围中，主角与同伴们逐渐接近真相，但他们也意识到，这场战斗的终点即将来临，而代价可能是他们无法承受的。