《新世纪福音战士剧场版：Air/真心为你》承接TV版结局，讲述人类补完计划的最终阶段。SEELE发动了对NERV总部的全面进攻，试图强行执行其版本的人类补完计划。碇真嗣在精神崩溃后选择逃避现实，而明日香在经历惨败后重新振作，驾驶EVA二号机独自迎战量产型EVA军团。与此同时，绫波丽背叛了碇元渡，将人类的命运交到真嗣手中。最终真嗣面临是否接受人类补完的选择——是让所有人类意识融合为统一的生命体，还是保留个体间的隔阂与痛苦。在精神世界中与不同人物的对话后，真嗣做出了自己的决定，而现实世界则以意想不到的方式延续下去。影片以意识流手法探讨了存在主义命题，成为动画史上的经典结局。