在《女神异闻录3 剧场版 第二章 仲夏骑士之梦》中，结城理继续与特别课外活动部的成员们对抗影时间中的阴影怪物。随着Persona能力的觉醒，理逐渐适应了双重身份的生活。某天，城市突然出现神秘的巨型塔塔尔罗斯，引发更强大的阴影暴走。团队在调查中发现，这一切与十年前的神秘事故有关联。当理在战斗中意外触发新型Persona时，桐条美鹤透露了关于“影时间”与“降临”的惊人真相。与此同时，新转学生望月绫时加入队伍，其背后似乎隐藏着不为人知的秘密。随着夏日的深入，理必须面对自己过去的阴影，而真正的敌人正潜伏在月光馆学园的暗处。