《科学小飞侠Crowds》的故事发生在2015年的东京都立川市，这是一个高科技与社交网络深度融入日常生活的城市。主角一行人是被称为“Gatchaman”的特殊战士，他们利用名为“NOTE”的笔记本将灵魂能力实体化为铠甲，对抗城市中引发混乱的神秘存在“MESS”。与此同时，社交平台“GALAX”通过人工智能“X总裁”指导用户互相帮助，试图构建理想社会。然而，“GALAX”的知名用户“LOAD”质疑“Gatchaman”的正义性，双方的理念冲突逐渐浮出水面。故事探讨了科技、社会与个人意志的复杂关系。