在“人类史上最大最恶的绝望事件”后，世界濒临崩溃。击败江之岛盾子的苗木诚等78期生加入“未来机关”，致力于世界复兴。然而苗木因庇护“绝望残党”被指控叛逆罪，未来机关成员集结商讨处分。会议期间，机关总部突然遭到封锁，众人被困。神秘广播宣布“希望峰学园史上最大最恶的死刑执行”，强制参与者互相残杀。随着同伴接连遇害，苗木发现这场杀戮游戏与过去的“自相残杀学级裁判”惊人相似。幸存者必须揭开真相，对抗幕后黑手“绝望残党”首领御手洗亮太，同时面对自身内心的绝望与希望抉择。最终，苗木等人揭露了御手洗利用“新世界程序”制造集体绝望的阴谋，并以牺牲为代价重启程序，为世界带来新的希望曙光。