《药屋少女的呢喃》讲述了位于大陆中央一个帝国的皇宫中，一位名叫猫猫的少女的故事。猫猫原本在烟花巷担任药师，如今在后宫做下女。她并非美貌出众，因此自信皇帝不会宠幸她，只是静待期满离宫。然而，猫猫听闻皇帝的孩子们皆年幼早夭，甚至现有的皇子皇女也身染重病，出于好奇与责任感，她开始调查这些疾病的真正原因。在宫中，猫猫遇到了美型的宦官壬氏，并在他的协助下，逐步揭开宫中发生的悬疑案件。凭借她的药学知识与敏锐的观察力，猫猫一一解决了这些谜团，展现了她在宫廷中的智慧与勇气。故事以中世东方为背景，融合推理与悬疑元素，描绘了猫猫在宫廷中的冒险与成长。