《机动战士高达第08MS小队》是发生在一年战争期间的支线故事，聚焦地球联邦军第08MS小队在东南亚战场的战斗。平民出身的新任指挥官天田士郎少尉被派往前线，率领着性格迥异的队员们在丛林中与吉翁军周旋。士郎在一次遭遇战中救下吉翁女测试驾驶员爱娜·萨哈林，两人在不知彼此身份的情况下暗生情愫。随着战斗升级，士郎逐渐质疑战争的合理性，同时发现爱娜竟是吉翁军东南亚方面司令的妹妹。当吉翁军秘密研发的巨型MA投入战场时，士郎和爱娜必须跨越阵营隔阂共同阻止其暴走。最终在惨烈的决战中，两人为结束战争而奋力抗争，展现了在残酷战场上人性与爱情的光辉。