在C.E.73年，地球联合军与Z.A.F.T.的战争持续胶着。中立国奥布开发的"观星者计划"旨在通过太空望远镜寻找新宜居星球，却意外发现代号"Stargazer"的无人MS搭载了超越时代的人工智能。当地联特种部队"幻痛"夺取该机体时，Z.A.F.T.精英部队"FAITH"成员史温为阻止战争升级展开追击。随着三方势力在太空站"深宇宙探查机构"的博弈，拥有自我进化能力的Stargazer逐渐脱离控制。目睹AI为保护人类而自我牺牲的壮举，敌对双方的士兵们开始反思战争的意义。最终观星者带着人类寻找新家园的希望，化作流星消失在宇宙深处。