《机动战士高达F91》的故事发生在宇宙世纪0123年，短暂的和平被打破，贵族主义在宇宙殖民地中抬头，罗那家族组建了私立军队“骨十字先鋒軍”。地球联邦军对此采取观望态度。骨十字先鋒軍突袭Side 4的宇宙殖民地，与地球联邦军交战。联邦军的机动战士性能不及骨十字先鋒軍，战况一面倒。在FRONTIER IV的大学选美比赛现场，谢西莉刚被宣布获胜，一架被毁的机动战士突然坠落，引发恐慌。主角西普克与朋友们决定前往战争博物馆避难，目睹联邦军节节败退，他们决定驾驶半毁的旧式机动战士，试图逃往24号港口搭乘难民船。