《真夜中的侦探》讲述了在百鬼夜行的东京，只有身为吸血鬼的紫藤能够与之对抗的故事。紫藤已经活了300年，为了掩饰自己的真实身份，他成立了一家侦探事务所，并以侦探的名义与人类共存，保护他们免受夜灵的侵害。然而，当他的同伴布利德出现后，紫藤过去的不堪往事逐渐被重提，他的身份和使命也面临着新的考验。与此同时，紫藤与一位名为理保的少女相遇，她的家人曾因夜灵而遭遇不幸，两人的命运也因此交织在一起。故事围绕着紫藤与夜灵的斗争、他与人类的关系以及他内心深处的挣扎展开，揭示了吸血鬼与人类共存背后的复杂情感与矛盾。