《机动战士高达ZZ》讲述了0088年新吉恩军对地球发动全面进攻的故事。新吉恩在哈曼·卡恩领导下迅速扩张势力，甚至迫使联邦政府让步。然而内部矛盾爆发，年轻军官格雷米发动叛乱。与此同时，以少年捷多·亚西塔为首的殖民卫星孩子们加入奥古组织，驾驶高达ZZ等机体与敌人作战。捷多作为新人类，在战场上与敌方新人类少女璞露及其克隆体产生共鸣，却目睹她们相继牺牲。在恋人露的鼓励下，捷多重振旗鼓。最终奥古在0089年1月对阿克西斯发动总攻，捷多与哈曼展开决战并取得胜利。战后，捷多与露踏上前往木星的旅程，但宇宙的和平依然遥远。