《机动战士高达Ⅱ哀・战士篇》讲述了在人工卫星上生活的新人类“COORDINATOR”与地球联合军之间因经济摩擦而引发的战争。C.E.70.02.11，地球联合与Z.A.F.T.的外交努力失败，最终宣布开战。随后发生的“血染情人节”事件，地球联合利用核弹攻击了新人类的卫星，造成大量伤亡，战争全面爆发。基拉·大和是一名工业大学学生，曾与Z.A.F.T.领袖萨拉议长的儿子阿斯兰是好友。阿斯兰回国后，基拉过着平静的生活，直到某天Z.A.F.T.军袭击学校抢夺高达，基拉被迫驾驶高达并与阿斯兰展开战斗。这场战争将第三方中立势力卷入，也让许多无辜的少年陷入战争的旋涡。