《来自深渊：深魂的黎明》讲述了在一个被探索殆尽的世界中，唯一未被完全探索的秘境——大洞穴“阿比斯”的故事。这个深不见底的洞穴中栖息着各种奇异的生物，并藏有无法复制的珍贵遗物，吸引了无数探险家前来挑战。居住在阿比斯边缘城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着成为像母亲一样的伟大探窟家。当她得知母亲的白笛被发现后，毅然决定深入阿比斯探险。与她同行的还有她收留的失忆机器人雷古，两人共同踏上了解开阿比斯谜团的旅程。在深界四层，莉可遭遇穿弹兽的毒素折磨，幸得“生骸”娜娜奇相救。三人继续前往深界五层，在那里遇到了自称普鲁修卡的女孩，展开了一段充满危险与未知的冒险。