在学园都市这个科技高度发达的特殊城市，超能力者御坂美琴（Level 5）与好友白井黑子等人继续着日常的校园生活。然而，一系列神秘事件打破了平静：能力者接连失踪，背后似乎隐藏着某个庞大实验的阴影。当美琴调查时，意外发现了与自己DNA图谱相关的"量产型能力者计划"，这些克隆体被用作残酷的军事实验。为阻止悲剧蔓延，美琴决心独自对抗学园都市的黑暗面。与此同时，风纪委员白井黑子、温柔治愈系的初春饰利等人也卷入事件，众人不得不在友情与正义之间做出抉择。随着调查深入，一个涉及整个城市高层阴谋逐渐浮出水面，美琴必须运用她强大的"超电磁炮"能力，为保护同伴和这座城市的未来而战。