特工皮特·拉蒂默被派往南达科他州执行一项神秘任务——看守一座装满超自然物品的古老仓库。这里收藏着从古至今各种具有危险力量的文物，从爱迪生发明的声波武器到传说中能实现愿望的潘多拉魔盒。当他遇上严谨古板的搭档麦卡·贝林，两人截然不同的性格在调查文物引发的离奇事件中不断碰撞。
仓库13的团队还包括技术天才克劳迪娅、深藏不露的馆长阿提和神秘特工史蒂夫。每件文物背后都藏着不为人知的历史秘密，而他们必须在这些危险物品落入恶人之手前将其收回。随着调查深入，皮特和麦卡发现这些案件似乎都与一个神秘组织有关，而他们自己的过去也正被慢慢揭开。