《海军罪案调查处第十二季》延续了NCIS小组调查海军相关犯罪的紧张剧情。本季以Gibbs团队遭遇的重大变故开篇：特工Tony DiNozzo因个人原因暂时离开小组，而新成员Alex Quinn的加入为团队带来新鲜血液。小组面临多起棘手案件，包括海军高官遇害、潜艇基地泄密事件，以及牵扯国际恐怖组织的武器走私案。与此同时，Gibbs与前任女友的关系再度浮出水面，而Abby的实验室遭遇黑客攻击，暴露出团队内部的安全漏洞。季终集揭露了一个潜伏多年的叛徒，迫使Gibbs做出艰难抉择。本季在破案主线外，深入探索了各成员的情感纠葛与职业困境，特别是McGee晋升为资深特工的成长历程，以及Bishop适应团队动态的心路历程。