魔法水晶球突然碎裂的瞬间，十六岁的见习魔女朝日奈未来僵在原地——本该召唤南瓜马车的咒语，竟撕开了连接现代东京与魔法世界的时空裂缝。与她共同卷入混乱的，还有总把"科学万能"挂在嘴边的理性派少女花海言叶。当来自魔法省的吉祥物莫夫莫夫被神秘黑影掳走时，两人被迫念出禁忌的联合咒语，闪耀着星尘光芒的魔法杖骤然具现化。
在这个魔法与科技失衡的夏天，未来发现自己的预知梦竟与言叶失踪父亲的实验笔记紧密相关。每当她们使用"光之美少女"的力量修复时空扭曲，就会在现实世界引发不可思议的连锁反应：图书馆的书籍突然飘浮组成桥梁，便利店的热狗变成会说话的使魔。而潜伏在时空裂隙里的黑影，正贪婪吞噬着两个世界的"可能性"。
魔女血统与量子物理在此刻产生奇妙共鸣，未来掌心跃动的粉色星光与言叶指间流转的蓝色数据流，在东京塔顶端交织成巨大的魔法阵。当言叶终于读懂父亲笔记最后一页写着"魔法即未来方程式"时，黑影的真面目令所有人屏息——那竟是另一个时空为拯救世界而黑化的...她们自己。