《怪异少女神隐》讲述了一个发生在现代都市中的神秘故事。绪川菫子是一名立志成为作家的书店员工，与同事化野莲关系密切，但她并不知道化野隐藏着一个秘密——那些流传的鬼故事、都市传说和现代奇异现象，有一部分是真实存在的。一天，书店里出现了神秘的“逆向盗书”现象，书架上莫名其妙地多了许多来历不明的书籍。以此为开端，两人开始卷入小镇中接连发生的奇异事件。他们面对的怪异包括返老还童的“月读的变若水”、绝对不能读出声的“异界之歌”、以及神隐事件的实况记录“仙境异闻”等。这对错位的组合在挑战现代社会潜藏的神秘的同时，也经历了一段平凡却深刻的友情与离别。故事围绕着这些不可思议的现象，揭示了小镇背后隐藏的真相。