《科学小怪蛋》讲述了一个名为瘴气镇的小镇，这里风暴永驻，所有出生驼背的小孩都被疯狂的科学家们抓去当助手，并且他们都被命名为伊戈尔。镇上的科学家们以发明邪恶的发明为荣，每年举办的“全国邪恶科学大展”是他们梦寐以求的荣誉。其中一个名叫伊戈尔的助手（约翰·库萨克配音）不甘心一辈子做助手，梦想成为一名科学家并在展会上夺冠。恰好在展会前两周，他的主人格里肯斯坦博士猝死，伊戈尔决定冒名顶替参赛。在短时间内，他发明了自己的第一个作品——伊娃（莫莉·香侬配音）。然而，他的冒名顶替行为被人发现，伊戈尔必须在危机中化解问题，努力实现自己的梦想。