《战国妖狐千魔混沌篇》的故事发生在战国时代，世界上存在着各种被称为“暗”的魑魅魍魉与异形妖怪。喜欢人类的妖狐玉和厌恶人类的仙道迅火组成了“救世姐弟”，致力于扫荡世间罪恶。在一次行动中，他们遇到了武士兵头真介，三人共同踏上旅程。与此同时，专门对付暗的僧侣组织“断怪众”以不人道的方式进行人体改造，试图消灭对人类作恶的“障怪”。迅火等人与断怪众展开了激烈的冲突。迅火因过去的经历对人类充满厌恶，但在旅途中，他逐渐目睹了人类善良的一面，内心开始动摇。故事通过人类与非人类之间的复杂关系，探讨了善恶的本质与救赎的可能。