在2020年的东京，网络已成为人们生活的核心。某日，首都圈突發大規模網絡故障，信號燈亂閃、電子屏幕顯示亂碼，官方聲稱是網絡恐怖襲擊所致。實際上，這是一場數碼世界與現實世界邊界崩壞的開端。主角團是居住在東京近郊的普通小學生，某天意外被捲入數碼世界的危機。他們遇見了各自的搭檔數碼獸，發現故障背後隱藏著企圖吞噬兩個世界的黑暗勢力。隨著冒險深入，孩子們逐漸解開數碼世界與人類網絡的古老聯繫，必須在現實與數碼的夾縫中奮戰，阻止兩個世界的崩潰。本季新增「網絡量子化」設定，數碼獸可通過電子設備實時穿越現實空間，戰鬥場面橫跨澀谷十字路口、東京鐵塔等標誌性地點。隨著最終BOSS「終端獸」的覺醒，孩子們面臨著比過往更艱難的抉擇——是否要切斷兩個世界永久的連接。