《数码宝贝第三季（普通话）》讲述了与现代网络社会共同产生的假想空间“数码世界”，其中诞生了数位生命体“数码兽”。这个世界由主机“世界树”管理，然而“世界树”为了建立新的数码世界，决定除去现有的世界，并发动了“Ｘ计划”，意图消灭所有的数码兽。面对数码世界史上最大的危机，拥有“Ｘ抗体”的多路兽及其朋友们挺身而出，肩负起拯救数码世界的重任。他们必须团结一致，寻找对抗“Ｘ计划”的方法，阻止“世界树”的毁灭行动，保护数码兽和数码世界的未来。在这场生死存亡的冒险中，多路兽与伙伴们将面临前所未有的挑战，展现勇气与友情的真正力量。