《精灵宝可梦第二季超世代》讲述了小智在结束成都地区的旅行后，带着皮卡丘来到芳缘地方展开新的冒险。在旅途中，皮卡丘因火箭队的攻击变得异常奇怪，小智不得不寻找解决方法。与此同时，他结识了新的女主角小遥，以及她的弟弟小胜。三人一同踏上旅程，目标是成为强大的宝可梦训练家。在芳缘地方，小智挑战道馆，收集徽章，并参加宝可梦联盟大赛。小遥则立志成为顶尖的宝可梦协调训练家，参与华丽大赛。旅途中，他们遇到各种宝可梦和训练家，经历了许多挑战与成长。火箭队的武藏、小次郎和喵喵依然不断出现，试图抢夺皮卡丘和其他宝可梦，但每次都被小智和伙伴们击败。故事展现了小智与小遥等人与宝可梦之间的深厚羁谊，以及他们在冒险中不断追求梦想的历程。