《灵魂摆渡3》延续前作奇幻悬疑风格，故事围绕白府展开。白牡丹去世周年祭日，其弟子阿秀、记者黄水仙等人齐聚白府。当众人前往祠堂时，竟听见已故白牡丹的唱戏声，发现实则是黄水仙在假扮。为查明白牡丹真正死因，擅长箜篌的赵吏制造幻境困住众人。在调查过程中，姜黎黎被黄水仙杀害，华小姐坦白与阿秀合谋毒杀白牡丹后自杀。层层真相揭开：黄水仙实为白牡丹亲生女，而管家刘妈竟是白牡丹生母。最后虹医生现出般若真身，揭露白牡丹实被琴弦勒毙。整个故事通过幻境串联起看似无关的人物，展现出一段错综复杂的爱恨情仇。结局中赵吏重获光明，阿金转世为夏冬青，为整个系列埋下伏笔。