《月刊妄想科学》的故事发生在某个国家的蒙斯顿城镇。在一栋旧楼的二楼，有一家小出版社，专门发行名为《月刊妄想科学》的杂志。这本杂志报道各种离奇且令人惊讶的事件，涉及的科学现象甚至连科学家都觉得不可能发生。编辑部的工作人员寥寥无几，只有美女编辑长和编辑员太郎·J·铃木，加上他的小学生助手二郎·田中和狗三郎。编辑部常常空无一人，太郎、二郎和三郎总在楼下的“岩”咖啡店闲逛。一天，科学家五郎·佐藤前来求助，声称自己掌握着“能够改变世界历史的情报”。这一消息让原本平静的编辑部卷入了一系列科学难以解释的离奇事件中，一段充满悬念的冒险故事由此展开。