《百千家的妖怪王子》讲述了一位16岁的少女百千向阳的故事。她的父母因事故去世后，她在生日那天收到一封遗书，得知父母留给她一栋位于深山老林中的宅邸。向阳满怀期待地前往，却发现房子破旧不堪，宛如鬼屋。刚进门时，她意外撞见一名裸男，此人名叫七守葵，他与两名友人紫和伊势早已擅自住在这里。三人神秘兮兮地警告向阳不要靠近屋子，但她坚决拒绝离开。随后，向阳发现这三人不仅毫无生活自理能力，还经常搞破坏。更令她困扰的是，她逐渐察觉到他们似乎并非人类，而是妖怪。故事由此展开，向阳与这些神秘妖怪共同生活的奇幻冒险也正式拉开序幕。