《青蛙军曹》讲述了一群来自 Gamma 星云第 58 号行星“K 隆星”的外星蛙人，他们原本计划侵略地球，但先遣部队的队长 Keroro 军曹在执行任务时不小心暴露了行踪，被地球人日向一家发现并捕获。Keroro 的侵略工具“Kero 球”也落入了日向家的弟弟冬树手中。由于情况不妙，K 隆星的侵略飞船匆忙逃离，留下了先遣部队的五名成员散落在地球上。Keroro 被迫驻扎在日向家，表面上顺从，暗地里却秘密建立了基地，并试图联系其他散落的伙伴。随着其他成员逐渐现身，这支小部队能否完成他们的侵略计划？地球的命运又将如何？故事在轻松幽默的氛围中展开，展现了外星人与地球人之间的奇妙互动。