八国联军攻入北京，朝廷仓皇出逃，全国陷入混乱。黄飞鸿（赵文卓饰）带着父亲黄麒英（刘洵饰）、十四姨（王静莹饰）及徒弟梁宽（莫少聪饰）、鬼脚七（熊欣欣饰）南下番禺，准备与十三姨（关之琳饰）、猪肉荣（郑则仕饰）等人会合。途中他们误入南粤米仓，与当地守卫发生冲突，后发现竟是差役首领谢四（张铁林饰）为对抗海盗而组织的自卫队。黄飞鸿协助他们击退盗米贼后，发现番禺已陷入海盗肆虐的无政府状态。为保一方平安，黄飞鸿决定暂缓行程，率领众人与单眼英、张云麟等海盗展开激烈对抗，最终粉碎了海盗势力，维护了当地百姓的安全。