2285年，联邦星舰进取号在与可汗的战斗中受损，返回地球太空港进行维修。柯克仍在为斯波克的死感到悲痛。麦科伊医生因异常行为被送进医院，斯科提则被调至联邦星舰精进号。星际舰队下令禁止进入新形成的创世星，并宣布进取号即将退役。斯波克的父亲沙瑞克告诉柯克，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂无法安息。柯克得知麦科伊因与斯波克进行心灵融合而带有其灵魂，必须一同前往瓦肯星。然而，星际舰队拒绝让进取号离开太空港。麦科伊试图招募飞船返回创世星，最终在柯克等人的帮助下逃脱，并登上被废弃的进取号。为避免追击，斯科提破坏了精进号的引擎。六人冒险驾驶进取号前往创世星。与此同时，克林贡人担心联邦将创世星改造为武器，派出克鲁格船长率领战舰前往夺取或摧毁这一战略目标。