《镖行天下之牡丹阁》讲述了少镖头王振威（周群达 饰）因追求飞燕（吴晓敏 饰）屡屡受挫，心中郁闷。一日，他为陈富（陈继铭 饰）押镖途中偶遇李云聪（张智尧 饰），两人相约饮酒。回到客栈后，王振威发现货物部分被焚毁，感到蹊跷。经过追踪，他得知劫镖者竟是李云聪的手下，令他大为恼火。然而，李云聪却给出了不同的解释。由于货物受损，王振威提出不收镖银，但陈富欣赏他的为人，仍如数支付，并请他担任自家戏园“牡丹阁”的护园镖师。不料当夜，陈富离奇暴毙，身上无中毒或他杀的痕迹，令王振威深感困惑。为维护自己的声誉，他继续担负起护园的责任。经过一番明查暗访，王振威逐渐发现了线索，戏园名角牡丹（池华琼 饰）成为他调查的关键人物。故事由此展开，揭示了一场错综复杂的阴谋。