1971年，修卡组织强迫科学家百濑龙之介进行人类改造实验，龙之介拒绝继续助纣为虐，修卡组织释放出恶魔迪亚波罗并将龙之介流放至宇宙。龙之介意外通过黑洞来到2071年，发现世界已被迪亚波罗掌控。为拯救世界，他使用回旋加速驱动器回到2021年，打算与儿子秀夫合作对抗迪亚波罗。然而，秀夫因父亲抛妻弃子而心怀怨恨，拒绝合作。关键时刻，五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎等假面骑士挺身而出，共同对抗邪恶势力。最终，秀夫被亲情感化，原谅了父亲，父子俩变身为假面骑士世纪，与其他骑士穿梭于未来与现在，成功消灭迪亚波罗，修复了父子关系，守护了世界的和平。