本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的宇宙战舰阿尔卡迪亚号，向地球发起进攻。哈洛克的行动引发了宇宙联邦的恐慌，他们派出年轻的天才指挥官亚马托前去阻止哈洛克。随着亚马托逐渐接近哈洛克，他发现了隐藏在归乡战争背后的惊人真相，以及哈洛克背叛的真正动机。亚马托必须在保护地球和揭露真相之间做出艰难的选择，而哈洛克的最终目的也将彻底改变人类的命运。