《杀手十三：阴谋》讲述了一个失忆男子在森林中被发现，身上唯一的线索是纹身“XIII”。三个月前，美国历史上首位女总统在老兵纪念日上遇刺身亡，事件引发巨大震动。XIII被神秘组织救出后，卷入了一场复杂的阴谋。他发现自己并非真正的XIII，真正的XIII已在刺杀总统后被灭口。他实际上是国家安全局副局长派出的卧底，目的是引出幕后黑手。在逃亡过程中，XIII遇到了似曾相识的恋人，并被迫与神秘组织交易，同时被另一伙人追杀。他的手表里藏有记忆芯片，成为各方争夺的关键。随着真相逐渐揭开，XIII发现自己被卷入了一个惊天阴谋，而他必须揭开谜团，找到自己的真实身份和事件的真相。