《犹大与黑弥赛亚》讲述了1960年代美国黑豹党副主席弗雷德·汉普顿的真实故事。联邦调查局线人威廉·奥尼尔奉命潜入黑豹党，监视这位极具魅力的年轻领袖。随着汉普顿的政治影响力不断扩大，他不仅组织免费早餐计划帮助贫民区儿童，更致力于团结各族裔建立"彩虹联盟"。与此同时，奥尼尔陷入内心挣扎：他既被汉普顿的理想主义感染，又承受着FBI特工米切尔的压力。最终在FBI局长胡佛的直接命令下，奥尼尔背叛了汉普顿，导致这位21岁的革命者在睡梦中遭警方突袭杀害。影片揭示了美国政府通过COINTELPRO计划系统性打压民权运动的黑暗历史。