《日本小偷故事》講述了小偷林田义助的經歷。他曾四次被捕入獄，一次在溫泉認識了女招待桃子並與她同居，還將偷來的東西送給她，但事情敗露被警察安东抓獲。保釋後，義助再次偷竊時遇到九個大個子男人。第二天，附近車站發生火車脫軌事件，義助作為嫌疑犯再次入獄。在獄中，他見到被指控製造脫軌事件的三名犯人，但三人均否認罪行，這讓義助對那九個男人產生懷疑。出獄後，義助決定重新做人，與阿花結婚，但隱瞞了自己的過去。律師藤本請他作證，安东威脅他若不配合就揭露他的前科。為了三名無辜者，義助決定實話實說，最終在法庭上坦陳真相。影片以喜劇手法諷刺警方虛偽，刻畫了義助善良的本性。