《青春残酷物语》讲述了叛逆女高中生真琴（桑野美雪饰）与藤井清（川津祐介饰）之间的复杂爱情故事。真琴在一次搭便车时险些被车主非礼，幸得阿清出手相救。两人次日再度相遇，相约游玩，但阿清却粗暴对待真琴，甚至企图强暴她。尽管如此，真琴并未责怪阿清，反而留下联系方式。然而，阿清因与有夫之妇有染迟迟未联系真琴。伤心欲绝的真琴在酒吧借酒消愁，遭到小混混骚扰，阿清赶来救下她，二人重修旧好并决定同居。由于经济拮据，阿清无法支付学费，便与真琴联手敲诈搭讪真琴的中年男人，屡屡得手。不久后真琴怀孕，阿清坚持要她堕胎，为此不惜再度与有夫之妇发生关系。与此同时，真琴因心情低落与另一个男人发生了关系。两人的关系逐渐走向崩溃，命运未知的阴影笼罩着他们。