《通天塔2006》講述了發生在摩洛哥、墨西哥和日本的三個相互關聯的故事。理查德（布拉德·皮特 飾）和妻子蘇珊（凱特·布蘭切特 飾）因婚姻危機前往摩洛哥旅行，途中蘇珊在旅行車中遭遇槍擊，導致他們被迫滯留當地。警方將此事件誤認為恐怖襲擊，展開調查，但真相卻出人意料地簡單。與此同時，墨西哥保姆艾米莉亞（艾德里安娜·巴拉扎 飾）為了參加兒子的婚禮，帶著理查德夫婦的孩子非法越境，卻在返回時遭遇邊境警察的阻攔。在日本，聾啞少女千惠子（菊地凛子 飾）因母親自殺而陷入孤獨與混亂，試圖通過極端方式與外界溝通。三個故事交織在一起，展現了人與人之間的誤解、隔閡以及尋求理解的渴望。