《人鱼童话3》讲述了鲸鱼威利重返大海后，杰西（杰森·詹姆斯·里希特饰）已成长为一名海岸科考队队员，但他们的故事并未结束。男孩麦克斯（Vincent Berry饰）的父亲约翰（帕特里克·基尔帕特里克饰）是一名非法捕鲸手，时常带着麦克斯在海上追捕鲸鱼，这让麦克斯对鲸鱼的情感充满矛盾。一次捕鲸行动中，麦克斯意外发现威利，并逐渐意识到鲸鱼的重要性。与此同时，杰西得知约翰的非法行为，决定联合麦克斯保护威利和其他鲸鱼。经过一系列冒险与冲突，麦克斯最终选择了站在鲸鱼一边，与杰西共同阻止父亲的捕鲸行动，帮助威利和其他鲸鱼重获自由。