《SPEC：天》讲述日本高层密谋猎杀超能力者（SPEC持有者）的"SIMPLE PLAN"计划，同时法蒂玛第三预言引发恐慌。执行该计划的官员离奇死亡后，特殊案件调查组的当麻纱绫（户田惠梨香饰）与濑文焚流（加濑亮饰）展开调查。他们接到志村美玲（福田沙纪饰）求救时，意外遇见濑文前恋人青池里子（栗山千明饰）。更令人震惊的是已死的超能力者阳太（神木隆之介饰）突然现身，带走留下神秘警告的美玲。随着阳太挑拨普通人与超能力者的对立，当麻深陷预言谜团，左手能力也面临失控。玛利亚、白衣教皇等关键人物相继浮现，人类未来笼罩在法蒂玛预言的阴影之下。