鸨羽舞衣与弟弟巧海乘坐邮轮前往风华学园，父母双亡的舞衣意外获得奖学金，决定与弟弟一同转入这所学校。航行途中，舞衣发现海上漂流着一名抱着大剑的少女美袋命，并将她救上船。随后，船上又出现神秘的玖我夏树。到校后，舞衣逐渐发现风华学园隐藏着不为人知的秘密。这里的学生被称为“HiME”，拥有操控异世界生物的能力，而她们的存在与一场古老的战争息息相关。舞衣被卷入其中，发现自己也拥有HiME的力量，并与其他HiME少女们共同面对强大的敌人，揭开学院背后的真相。在这过程中，她不仅要保护弟弟，还要在友情、责任与命运之间做出抉择。