在2035年的日本，天才少女橘爱丽丝因一场名为“大爆炸”的实验室事故失去了母亲。这场意外导致人工生命体失控，使整个研究设施被夷为平地。两年后，爱丽丝转学到专门收容事故幸存者的学校，却发现自己的身体正在发生异变。在青梅竹马司城夕月的帮助下，她逐渐揭开事故背后的真相——原来自己体内寄宿着能够改写生物基因的纳米机器"A.I.C.O."。为了阻止人工生命体继续扩散，爱丽丝与特殊部队成员神崎飒人联手，踏上前往事故核心区域的危险旅程。随着调查深入，她必须面对一个残酷的事实：自己可能早已不是人类，而是母亲为拯救她而创造的"化身"。