《中学圣日记》讲述了25岁的末永圣实现了儿时的梦想，大学毕业后在子星中学担任语文老师的故事。圣已经有未婚夫胜太郎，两人目前处于异地恋状态。然而，第一次担任班主任的圣遇到了散发着独特魅力的初中三年级学生黑岩晶。晶对圣一见钟情，毫不掩饰地表达了爱意。尽管圣已有婚约，且胜太郎对她十分关心，但她仍被比自己小10岁的黑岩晶所吸引。两人之间的感情逐渐升温，展开了一场充满禁忌的师生恋。面对社会的压力、道德的束缚以及内心的挣扎，圣不得不在爱情与责任之间做出艰难的选择。这段情感纠葛让她的生活发生了翻天覆地的变化，也让她重新审视自己的人生与价值观。