《重任在肩第三季》讲述了特警小组长官Danny Waldron在一次行动中击毙了一名犯罪嫌疑人，他和队员一致声称此举是出于自卫。然而，反腐小组AC12的主管Steve Arnott和Kate Fleming对此表示怀疑，认为这可能是一起蓄意杀人事件。随着调查的深入，更多意想不到的真相逐渐浮出水面。Danny的过去和他与犯罪分子的复杂关系被揭露，而AC12团队也面临着来自内部的压力和质疑。与此同时，Steve和Kate的关系也因工作中的分歧而变得紧张。在真相大白的过程中，每个人都不得不面对自己的道德底线和对正义的理解。