《中二病也要谈恋爱！第二季》讲述了富樫勇太与小鸟游六花正式交往后的校园生活。升入高二的勇太试图摆脱中二病阴影，却因六花持续的中二行为频频陷入尴尬。新转学生七宫智音的出现更掀起波澜，这位勇太初中时的"战友"不仅重提黑历史，还对六花发起了"魔王挑战"。与此同时，学生会选举引发骚动，丹生谷森夏被迫面对自己"黑暗历史"，一色诚则陷入单恋苦恼。在六花姐姐十花的干涉下，勇太不得不直面与六花关系的未来，而六花也因家庭变故陷入迷茫。众人通过"极光作战"帮助六花寻找失踪父亲，最终在圣诞夜达成和解。故事以勇太接受六花全部中二幻想，两人真正心意相通作结。